Příčinou neshod má být výklad disciplinárního řádu. Členové etické komise si stojí za tím, že na případy před 30. červnem 2022 je nutné aplikovat pravidla účinná od 1. července téhož roku, a to v souladu se zásadou nepravé retroaktivity.
Podle zástupců komise vedené Janem Eisenreichem tato právní neshoda vedla k tomu, že řada rozhodnutí etického orgánu byla zrušena a případy vráceny k novému projednání.
Etická komise proto požádala vedení svazu, aby nechalo zpracovat odborné právní stanovisko k posouzení této procesní otázky. Pod expertízou je podepsána Právnická fakulta v Olomouci, která údajně dala za pravdu etické komisi.
Poslední kapkou byla jedna z největších kauz match fixingu, tedy ovlivňování sportovních zápasů. V jejím rámci odvolací komise snížila trest Michalu Hladíkovi z třetiligového Frýdlantu nad Ostravicí. Ten od prvoinstančního orgánu dostal patnáctiletý zákaz působení ve fotbale a pokutu milion korun za ovlivňování nebo pokus o ovlivňování zápasů. Odvolací komise mu trest snížila na čtyři roky a čtvrtmilionovou pokutu.
Předmětem sporu jsou ovšem i další kauzy. Komise pod vedením Jana Malého nedávno revidovala rozhodnutí v případě kauz prominentních jmen: zrušila sportovnímu řediteli Slavie Jiřímu Bílkovi desetiměsíční trest za narušení regulérnosti třetí ligy v září 2019. Slavia nemusí platit pokutu čtvrt milionu korun.
Komise zrušila trest i bývalému hradnímu kancléři Vratislavu Mynářovi. Předseda klubu TJ Osvětimany původně dostal dvouletý zákaz činnosti a pokutu 50.000 korun za narušení regulérnosti první ligy.
Dukla Praha musí podle verdiktu odvolací komise Fotbalové asociace ČR zaplatit pokutu 200.000 korun za pokus o ovlivnění dvou zápasů první ligy v roce 2018. Původně uložený trest byl dvojnásobný.